ทะเลสาบชูเซนจิ (Lake Chuzenji) เป็นทะเลสาบน้ำจืดในอุทยานแห่งชาตินิกโก้ ตั้งอยู่บริเวณฐานภูเขาไฟนันไต จังหวัดโทจิงิ เกิดขึ้นเมื่อราว 20,000 ปีที่แล้ว เมื่อภูเขาไฟนันไตเกิดการปะทุและไหลลงไปปิดทางแม่น้ำ นอกจากนี้ยังเป็นทะเลสาบที่อยู่สูงที่สุดในญี่ปุ่นจากระดับน้ำทะเล โดยมีความสูงกว่า 1,269 เมตรเหนือระดับน้ำทะเล และเป็นทะเลสาบที่มีความลึกเป็นอันดับ 7 ในญี่ปุ่น โดยส่วนที่ลึกที่สุดมีความลึกกว่า 163 เมตร ทะเลสาบชูเซนจิถูกค้นพบในปี พ.ศ.1325