ศาลเจ้าเนซุ (Nezu Jinja) เป็นศาลเจ้าเก่าแก่ตั้งอยู่ใกล้กับสวนอุเอโนะ ศาลเจ้าแห่งนี้ถูกสร้างตั้งแต่เมื่อ 1,900 ปีที่แล้ว โดย Yamato Takeru no Mikoto ในเซนดางิ ต่อมาในยุคเอโดะ โชกุนรุ่นที่ 5 แห่งตระกูลโตคุงาวะ นามว่าโตคุงานวะ สึนะโยชิ ได้ทํางานย้ายที่ตั้งของศาลเจ้านี้จากเซนดางิไปที่เนซุ สิ่งก่อสร้างส่วนใหญ่ภายในศาลเจ้าสร้างขึ้นในปี ค.ศ. 1706 ซึ่งยังเหลือรอดมาจนถึงในปัจจุบัน และได้รับการขึ้นทะเบียนเป็นสมบัติทางวัฒนธรรมที่สําคัญแห่งชาติ

จุดเด่นอีกอย่างของที่ศาลเจ้านี้คือ การได้ถ่ายรูปกับเสาโทริอินับร้อยต้นในบริเวณวัด และถ้าใครที่มาเที่ยวโตเกียวช่วงประมาณกลางเดือนเมษายนถึงต้นพฤษภาคมก็อย่าลืมมาแวะชมงานดอกไม้สวยๆ หลากสีสันที่ศาลเจ้าแห่งนี้ เพราะนอกจากความสวยงามแบบดั้งเดิมของตัววัดแล้วแล้ว ศาลเจ้าเนซุยังมีชื่อเสียงในการชมดอกอาซาเลีย (Azalea) หรือดอกซึซึจิ (Tsutsuji) ในภาษาญี่ปุ่น ซึ่งปลูกอยู่ในสวนบนเนินของศาลเจ้าประมาณ 3,000 ต้น เกือบ 100 สายพันธุ์ โดยจะมีการจัดงานเทศกาล Bunkyo Azalea Festival (Bunkyo Tsutsuji Matsuri) สำหรับการชมดอกซึซึจิในช่วงประมาณอาทิตย์ที่ 2 ของเดือนเมษายนถึงต้นเดือนพฤษภาคมของทุกปี